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精彩回顾| EBC·上海纳昂达专题卫星会

精彩回顾| EBC·上海纳昂达专题卫星会 
2018-03-09Super Nano Team纳昂达科技
3月8日,在易贸生物产业大会暨第九届国际体外诊断产业高峰论坛上,上海纳昂达卫星会如期而至。

来自阿斯利康Brian Dougherty博士,IDT的Yun Bao博士,纪念斯隆凯特琳癌症中心的Dana W. Y. Tsui教授,中科普瑞的黄炳顶博士与温州医科大学的丁春明教授带来了干货满满的精彩报告,会议由南京医科大学附属医院/江苏省人民医院检验学部潘世扬主任主持。

主持人| 潘世扬 主任

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Brian Dougherty

DNA Sequencing of Oncology Clinical Samples to Identify Markers of Response and Resistance

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介绍了阿斯利康在肿瘤转化医学方面为临床试验建立NGS分析平台的详细流程。Dr. Dougherty所领导的研究团队通过对多个品牌的外显子捕获产品的对比分析证实IDT的外显子捕获Panel相比同类产品可提升5~8%的有效覆盖度。这也是欧美多个基因组中心和医药公司转用IDT外显子捕获Panel的重要原因。Dr. Dougherty的团队与IDT深度合作开发了基于12,000个SNP高频位点的捕获Panel用于肿瘤病人的拷贝数分析。
此外,为了避免可能的样本混淆,Dr. Dougherty的团队还采用IDT的rhAmp®  Amplicon Sequencing产品对病人样本进行溯源与追踪。
Yun Bao
Detection of Ultra-low Frequency Variants by Powerful Duplex Seq Adapters
来自IDT公司基因组学产品研发Dr. Bao 在此次纳昂达卫星会专场介绍了IDT用于NGS文库构建的新产品—双端分子标签接头xGen® Duplex Seq Adapters和配套的生信分析解决方案。
这款xGen® Duplex Seq Adapters接头中可以兼容NGS市场上多款文库构建试剂盒。通过对样本分子进行独特的双端分子标签(Unique Molecular Identifier,UMI)标记从而保存上下姐妹链的双重信息。在此基础上,结合后续的双重校验生信分析方法极大地提高了FFPE样本和cfDNA样本中低频突变检测的准确性。
Dana W. Y. Tsui
MSKCC实践分享 From tumor to blood: Cell-free DNA for non-invasive molecular profiling
来自纪念斯隆凯特琳癌症中心(Memorial Sloan Kettering Cancer Center, MSKCC)的Dr. Tsui首先总结了ctDNA在肿瘤临床应用研究上的发展历程和挑战。随后介绍了MSKCC目前基于MSKCC-IMPACT建立的多肿瘤分析平台的标准流程。
2017年11月,美国FDA已批准MSK-IMPACT用于肿瘤基因检测从而指导临床治疗。它基于二代测序技术,能够一次对肿瘤相关400余个基因的蛋白编码区突变、拷贝数变异和融合基因等变异进行检测。
依托MSKCC累积的二万多份肿瘤病人大数据,Dr. Tsui的团队在MSKCC-IMPACT的基础上优选百余个基因合成IDT xGen®系列捕获探针,同时结合IDT的双端分子标签接头xGen® Duplex Seq Adapters,实现对cfDNA的低至万分之一的极低频突变检测。
黄炳顶
从TMB检测到肿瘤新抗原预测—生物信息算法模型在肿瘤免疫治疗中的应用
肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)作为免疫冶疗的标志物,近期极其火热。来自深圳中科普瑞的研发总监黄炳顶博士重点介绍了中科普瑞自主开发的肿瘤突变检测算法工具SinoTool。该算法工具可一次性检测癌症测序数据中的点突变、插入缺失、拷贝数变异、融合基因及微卫星不稳定性等突变类型。通过对免疫疗法生物标记物TMB分析,可很好地预测免疫疗法结果。同时,SinoTool在预测新抗原和肿瘤克隆进化研究中也表现出极大潜力。
丁春明
液态活检临床应用瓶颈问题探讨
来自温州医科大学检验医学与生命科学学院的丁春明教授高屋建瓴地总结了目前液体活检中在临床应用中的瓶颈问题。从有效性、标准性、临床实践指导性及检测成本等角度深入浅出地探讨了ctDNA在临床应用中的难点。同时,丁教授还指出除了技术细节的改进,临床试验与市场教育是液体活检产品落地前的必经之路。
郑文莉
上海纳昂达CTO郑文莉博士简明扼要地总结了纳昂达与IDT的产品在NGS靶向捕获方向的整体解决方案。
上海纳昂达的团队将秉承Nano Trans More的信条,一如既往的以领先的产品和专业的售后为基因领域的新老客户提供优质服务。

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